Mi-décembre, les résultats de l’étude Nutri-karst ont été présentés à un public composé d’acteurs du monde agricole et d’associations de défense de l’environnement. Au-delà de pointer des responsables sur la pollution des rivières comtoises, l’étude apporte une somme de données scientifiques et a identifié plusieurs leviers d’actions.
La tâche était abyssale. L’étude Nutri-Karst a d’ailleurs duré 6 ans et a nécessité un investissement d’1,3 million d’euros, assuré à 50 % par l’Agence de l’eau. L’enjeu est d’importance pour l’avenir et la ressource en eau, qui reste un bien commun. L’objectif de cette étude, portée par le B.R.G.M. (Bureau de recherches géologiques et minières) et la Chambre d’agriculture 25-90 vise à mieux comprendre l’impact des activités agricoles et des rejets domestiques et industriels sur la qualité des eaux des rivières comtoises.
L’étude Nutri-karst s’est focalisée sur les excès en nutriments (azote et phosphore) dans les bassins karstiques. “Il s’agit de mieux comprendre l’origine des dysfonctionnements des rivières. Le lien de cause à effet n’est pas si simple. Et il y avait des lacunes dans les connaissances sur les transferts et la mobilité des contaminants dans le karst”, vulgarise Jean-Baptiste Charlier, hydrogéologue en charge du projet Nutri-karst au B.R.G.M., aux côtés de Didier Tourenne, agronome à la Chambre d’agriculture.
L’étude s’est d’abord penchée sur l’évolution de la ressource en eau, de l’occupation des sols et du climat sur 50 ans. Plusieurs constats sont dressés : une hausse du stress hydrique associée à une diminution progressive et durable des ressources en eau, une sensibilité des eaux souterraines et de surface de la Loue et du Haut-Doubs au réchauffement climatique, d’une part. D’autre part, des efforts de la part des agriculteurs avec un cheptel de bovins raisonné, bien loin du nombre des années 1980 (avant l’introduction des quotas laitiers). Et malgré une augmentation du nombre de bovins dans le Doubs et le Jura de 2010 à 2020.
Autre facteur favorisant la lutte contre la pollution aux nutriments des rivières : une prédominance des prairies permanentes à 79 % de la surface agricole sur le massif du Jura. Les prairies temporaires représentent 11 % et les cultures 10 %. “Le retournement d’une prairie libère des nitrates en quantité importante, explique Didier Tourenne. S’il est réalisé en fin d'été ou à l’automne, avec des sols mous pendant plusieurs semaines ou mois, le risque de perte de nitrates (et donc de ruissellement jusqu’à la rivière, N.D.L.R.) est maximal. Les prairies permanentes sont des capteurs à nitrate.”
Pour limiter les transferts entre les sols et l’eau, 40 mesures concrètes ont été identifiées dans l’étude (parmi les 100 leviers d’actions) pour optimiser les pratiques agricoles. Par exemple, limiter le retournement des sols, optimiser la fertilisation, renforcer l’efficience des fermes afin de favoriser l’autonomie des exploitations et limiter l’achat d’engrais et d’aliments.
Sur ce point, l’étude montre que depuis 20 ans, “l’amélioration des pratiques dans les élevages a conduit à une diminution des livraisons d’engrais minéraux : deux fois moins d’engrais azotés, 7 fois moins d’engrais phosphatés et 5 fois moins d’engrais potassiques sont épandus sur les parcelles agricoles.” Les déjections des bovins - fumier, purin, lisier - constituent la première source d’azote et de phosphore apportés dans les champs, devant les engrais minéraux de synthèse.

Un constat est dressé : malgré ses efforts, l’agriculture reste le principal poste d’apport en azote (92 %) et en phosphore (95 %) devant les rejets domestiques et industriels (7 % pour l’azote et 5 % pour le phosphore) et la transformation du lait (0,4 % pour l’azote et 0,6 % pour le phosphore). “La tendance à la hausse des teneurs en nitrate dans les eaux dans les années 80-90 montre une inflexion dans les années 2000, sans pour autant engendrer une réduction importante du niveau de pollution des eaux”, précise l’étude. “Non, il n’y a pas de plus en plus de nitrates dans les eaux qu’il y a une dizaine d'années”, souligne Jean-Baptiste Charlier. Pourtant, l’état des rivières ne s’abîme pas. Comment expliquer ce paradoxe ?
Si les pratiques à risque favorisant la pollution sont le travail du sol et la fertilisation minérale (les cultures et prairies temporaires), le réchauffement climatique joue un rôle aggravant, et notamment les périodes de sécheresses. Le karst est d’autant plus vulnérable aux épisodes de sécheresse. “Les bassins des rivières karstiques comtoises ont la particularité d’être alimentés principalement par des eaux souterraines qui possèdent un faible pouvoir de rétention des polluants (que ce soit pour les nutriments ou d’autres types de contaminants) et de posséder dans de nombreux cas de faibles réserves en eau. Ce sont donc des bassins fortement vulnérables aux pollutions mais également sensibles aux épisodes de sécheresse”, explique l’étude.

À noter également une grande variabilité entre les rivières du Massif. Les rivières dans le Doubs sont plus sensibles à la pollution des eaux par les nitrates, par exemple. Et selon le lieu, les origines des pollutions ne sont pas les mêmes. Jean-Baptiste Charlier donne l’exemple de la source de la Loue : le flux d’azote est très majoritairement issu du plateau, et a donc une origine agricole. À l’inverse, le phosphore a pour source quasi unique les pertes du Doubs. Il s’agit donc d’une origine urbaine, et notamment le rejet d’assainissement de la zone urbaine de Pontarlier. La réhabilitation des stations d’épuration fait également partie des 100 leviers d’actions identifiés par l’étude Nutri-karst. Maintenant, ces données sont aux mains des acteurs publics, qui doivent décider de s’en emparer afin d'agir pour améliorer l’état des cours d’eau.
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Des réactions contrastées, où chacun se renvoie la balle
Gérard Mamet, vice-président de la C.L.E. (commission locale de l’eau), et membre du collectif S.O.S. Loue Rivières Comtoises : “En 2012, nous étions ici pour les Assises de la Loue. Nous avions déjà dit que les problèmes étaient multifactoriels (agricoles, assainissement, artificialisation des sols, dérèglement climatique). Les études, c’est bien, maintenant, il faut agir.” “L’étude permet d’objectiver le débat répond Jean-Baptiste Charlier. C’est la première étude à l’échelle du massif du Jura, cela permet de largement préciser les choses. Il y a dix ans, on ne parlait pas de réchauffement climatique.”
Jean-François Longeot, sénateur : “Sur le sujet de l’assainissement collectif, il faut qu’on puisse mettre des experts pour accompagner les collectivités. Les élus ont la volonté mais ils doivent être accompagnés.”
Florian Dornier, président de la F.D.S.E.A. : “Il n’y a pas de solutions simples à un problème complexe. Il y a cette difficulté de trouver une ligne de crête entre agriculture, environnement, ses paysages, les paysans. Il faut que les fosses à lisier qui ne sont pas couvertes soient accompagnées de financement (pour les couvrir, N.D.L.R.). L’agriculture assure ses responsabilités, elle est en mouvement. Dans un contexte où tout est explosif, on a besoin de temps, d’explication et de la persévérance.” “On n’a pas le choix d'accélérer certaines choses répond l’hydrogéologue. L’effort doit être fait. Tant qu’on pourra anticiper, il ne faudra pas oublier de le faire. On sera vite rattrapé par le changement climatique. Anticiper, c’est du temps gagné.”
Roland Brunet, président de la fédération de pêche du Jura : “Les pêcheurs participent et travaillent beaucoup avec les agriculteurs. Le 12ème cahier des charges du comté est beaucoup plus vertueux. La couverture des cuves à lisier est une nécessité. La profession agricole doit savoir sanctionner les brebis noires, elles jettent le discrédit sur la profession et jettent les bases d’une confrontation alors qu’on devrait travailler ensemble. Le traitement du bois n’est pas évoqué, je le regrette.” “Sur la forêt, on ne passe pas à côté de quelque chose d’important”, répond Jean-Baptiste Charlier.
Mathieu Regazzoni, agriculteur : “La forêt se meurt, il y a aussi l’assainissement individuel, il faut prendre la problématique de l’eau dans son ensemble.” “L’assainissement individuel (non collectif) a été pris en compte dans les bilans” rétorque Didier Tourenne.
Jean-Claude Grenier, président de la communauté de communes Loue Lison, vice-président de l’E.P.A.G.E. Haut-Doubs Haute-Loue : “Il manque l’impact de l’industrie et de la centaine de décharges sauvages au milieu des dolines. On essaie de s’en occuper mais on est bien seuls. J’ai mis 5 ans pour avoir la compétence assainissement. L’eau et l’assainissement devraient être traités au niveau du département. Il faut du temps, des moyens, que chacun accepte de payer l’eau au prix de l’eau et l’assainissement au prix de l’assainissement.”
Un paysan retraité et militant à la confédération paysanne depuis 35 ans : “Le problème est de convaincre une population d’évoluer. Depuis 30 ans, la population agricole évolue dans le bon sens. Depuis quelque temps, on sent sur le terrain un relâchement et un recul effroyable, notamment depuis la nomination d’Annie Genevard comme ministre de l’Agriculture. S’il n’y a pas une vraie volonté gouvernementale et des politiques pour attirer les gens dans cette attitude positive, qu’est-ce qu’on fait à partir de cette étude, si on n’arrive pas à emmener tout le monde ?”
